M&Aの株式譲渡と事業譲渡の課税の違い

「株式譲渡と事業譲渡では、どちらが税金面で有利なのだろうか」——M&Aによる事業承継を検討し始めた経営者の多くが、最初にぶつかる疑問です。同じ会社を譲るのでも、選ぶスキーム（手法）によって、売り手・買い手それぞれにかかる税金の種類や負担が大きく変わります。

本記事では、株式譲渡と事業譲渡の課税の違いを、譲渡所得税・法人税・消費税といった税目を横断して整理します。「どちらのスキームが自社に向いているか」を判断するための土台として、全体像をつかんでいただくことを目的としています。なお、消費税の実務的な計算・区分の詳細は別記事にゆずり、ここでは「違い」の構造に絞って解説します。

目次

1. 株式譲渡と事業譲渡は「何を売るか」が違う
2. 売り手にかかる税金の違い
3. 買い手にかかる税金・税務上の違い
4. スキーム別・課税の違い早見表
5. 同じ譲渡価額でも手取りは変わる（考え方の例）
6. どちらを選ぶか——判断の視点

1. 株式譲渡と事業譲渡は「何を売るか」が違う

課税の違いを理解する前提として、2つのスキームが「何を売買しているのか」を押さえておきましょう。ここが違うために、かかる税金も変わってきます。

株式譲渡：株主が「株式」を売る

株式譲渡は、会社のオーナー（株主）が保有する株式そのものを買い手に売却する手法です。会社の器（法人格）はそのまま残り、株主だけが入れ替わります。従業員の雇用契約・取引契約・許認可などは原則としてそのまま引き継がれるため、中小企業のM&Aで最も多く用いられるスキームです。

事業譲渡：会社が「事業（資産）」を売る

事業譲渡は、会社が営む事業の全部または一部を、資産・負債・契約の集合体として買い手に売却する手法です。売買の主体は株主ではなく会社（法人）です。譲渡する資産・契約を個別に選べる一方、取引先との契約は相手方の同意、許認可は業種により新規取得が必要になる場合があります（建設業許可のように、一定の要件のもとで承継できる制度が設けられた許認可もあります）。

【第1章まとめ】

• 株式譲渡は「株主が株式を売る」——会社はそのまま、オーナーが替わる
• 事業譲渡は「会社が事業（資産）を売る」——資産・契約を個別に移転する
• 「誰が」「何を」売るかが違うため、かかる税金も変わる

2. 売り手にかかる税金の違い

売り手の立場で見ると、株式譲渡と事業譲渡では「誰に」「どの税金が」かかるかが根本的に異なります。

株式譲渡：売り手（個人株主）は譲渡所得税

個人のオーナー株主が株式を売却した場合、売却益（譲渡所得）に対して約20.315%（所得税15%＋復興特別所得税0.315%＋住民税5%）の申告分離課税がかかります。給与など他の所得とは分離して課税されるため、税率が一定で見通しを立てやすいのが特徴です。株式の譲渡は消費税法上の非課税取引にあたるため、消費税はかかりません。

なお、株式を保有しているのが個人ではなく法人（親会社など）の場合は、譲渡益は法人の所得に合算され、法人税等の課税対象となります。

事業譲渡：売り手（会社）は法人税＋消費税

事業譲渡では、売買の主体は会社です。事業を売って得た譲渡益は会社の益金となり、他の損益と通算されたうえで法人税等（法人税・地方法人税・住民税・事業税の合計）の対象となります。

さらに、事業譲渡では譲渡する資産のうち課税資産（建物・機械設備・車両・のれん・棚卸資産など）に消費税10%がかかります。土地や債権など一部は非課税・不課税ですが、原則として売り手の会社が消費税を申告・納付します。

また、株式譲渡と違って、事業譲渡で会社に入った譲渡代金を最終的にオーナー個人が受け取るには、役員退職金や配当などの形をとる必要があり、その段階で改めて個人への課税が生じます。この「二段階」になりやすい点も、事業譲渡の税負担を考えるうえで重要です。

【第2章まとめ】

• 株式譲渡（個人株主）：譲渡益に約20.315%の申告分離課税、消費税は非課税
• 事業譲渡（会社）：譲渡益に法人税等＋課税資産に消費税10%
• 事業譲渡は「会社→個人」で受け取る段階の課税も考慮が必要

3. 買い手にかかる税金・税務上の違い

課税の違いは、買い手の側にもあります。買い手にとっての税務メリット・デメリットは、スキーム選びの交渉材料にもなります。

事業譲渡：買い手は「のれん償却」で節税できる

事業譲渡で買い手が支払った金額のうち、資産の時価を上回る部分は「のれん（資産調整勘定）」として計上され、税務上は原則5年間で均等に損金算入できます。これは買い手の課税所得を減らす効果があり、買い手にとっての税務メリットです。一方で、課税資産に対して支払った消費税は、買い手が課税事業者であれば仕入税額控除の対象になります。

株式譲渡：買い手はのれん償却ができない

株式譲渡では、買い手が取得するのは「株式」です。支払った金額は株式の取得価額となり、のれんとして損金算入することはできません。その代わり、会社をそのまま引き継ぐため契約・許認可の再取得が不要で、手続き面の負担は軽くなります。ただし、簿外債務や偶発債務があった場合はそれも引き継ぐことになるため、買い手はデューデリジェンス（企業調査）でリスクを確認します。

💡 ポイント

「売り手に有利」と「買い手に有利」は必ずしも一致しません。売り手は株式譲渡（低税率・簡便）を望み、買い手は事業譲渡（のれん償却・簿外債務リスクの切り分け）を望む、という利害の違いが生じることがあります。最終的なスキームは、税負担と手続き・リスクを総合して双方で調整するのが一般的です。

4. スキーム別・課税の違い早見表

ここまでの内容を、売り手・買い手それぞれの視点で整理します。

税率・取扱いは税制改正や個別事情により変わる場合があります。必ず最新情報と専門家の確認をお願いします

5. 同じ譲渡価額でも手取りは変わる（考え方の例）

同じ会社を同じ金額で譲る場合でも、スキームによって売り手の最終的な手取りは変わり得ます。以下は仕組みを理解するための簡略化した一例であり、実際の税額を示すものではありません。

たとえば個人オーナーが全株式を3億円で売却する株式譲渡では、譲渡益に対して約20.315%の課税で済み、消費税もかかりません。一方、同じ3億円を事業譲渡で受け取る場合は、会社に法人税等がかかったうえ、課税資産分の消費税も発生し、さらに代金を個人が受け取る段階で追加の課税が生じ得ます。一般に、中小企業のオーナーが会社全体を譲る場面では、株式譲渡のほうが売り手の手取りが多くなりやすい傾向があります。

⚠️ 注意事項

どちらが有利かは、株主が個人か法人か、繰越欠損金の有無、資産構成、退職金の設計などによって大きく変わります。「株式譲渡が常に得」とは限りません。必ず税理士による事前シミュレーションで、自社のケースに即した比較を行ってください。

6. どちらを選ぶか——判断の視点

スキーム選びは税負担だけで決まるものではありません。次の視点を総合して判断します。

• 税負担： 売り手・買い手それぞれの税額をシミュレーションで比較する
• 手続きの負担： 契約・許認可の引き継ぎのしやすさ（株式譲渡が簡便なことが多い）
• 引き継ぐ範囲： 一部事業だけ譲りたいのか、会社全体か
• リスクの遮断： 簿外債務などを引き継ぎたくない場合は事業譲渡が検討対象になる
• 買い手の意向： のれん償却や簿外債務リスクの切り分けを重視する買い手は事業譲渡を望むことがある

株式譲渡と事業譲渡の課税の違いは、事業承継の「入口」で押さえておくべき重要なポイントです。仕組みを理解したうえで、早めに税理士・M&A専門家に相談し、自社にとって最も納得のいくスキームを選びましょう。

スキーム選びや税負担の比較でお悩みの際は、SDアドバイザーズにお気軽にご相談ください。私たちSDアドバイザーズは譲受側（グループインの受け皿）として、承継後も事業と雇用を続ける前提でご相談を承ります。

参考資料・出典

• 国税庁 タックスアンサー No.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」
• 国税庁「消費税法基本通達」「No.6201 非課税となる取引」
• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」（令和6年8月）
• 中小企業庁「事業承継ガイドライン（第3版）」

本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務相談に代わるものではありません。税率・取扱いは税制改正や個別の事情により変わります。実際のスキーム選択・税額計算にあたっては、必ず税理士等の専門家にご相談ください。

監修：株式会社SDアドバイザーズ 事業承継グループ
私たちSDアドバイザーズ事業承継グループは、自社自身が事業承継・M&Aを積極的に活用し、グループ企業を拡大していく譲渡先として活動しています。実際に譲渡企業の経営者様と向き合ってきた経験と実績が、このコラムの情報の裏付けとなっています。
※ 税務・法務の個別案件については、必ず税理士・弁護士等の専門家にご相談ください。