事業承継・M&Aの消費税実務完全ガイド

「事業承継やM&Aを検討しているが、消費税がいくらかかるのかわからない…」「計算方法が複雑で不安だ…」このような悩みをお持ちの経営者は少なくありません。

実際に、事業承継における消費税の扱いは、株式譲渡と事業譲渡で大きく異なります。適切な知識がないまま進めてしまうと、予想外の税負担に直面する可能性があります。

本記事では、50年以上の実績を持つM&A専門家が、事業承継・M&Aにおける消費税の実務を詳しく解説します。正確な知識を身につけて、安心して事業承継を進めましょう。

1. 事業承継・M&Aにおける消費税の基本的な考え方

事業承継やM&Aを検討する際、多くの経営者が見落としがちなのが消費税の扱いです。消費税は、取引の性質によって課税・非課税が決まるため、事前の理解が重要となります。

消費税の課税対象となる取引の定義

消費税法では、以下の4つの要件を満たす取引が課税対象となります。

• 国内において行われる取引
• 事業者が事業として行う取引
• 対価を得て行われる取引
• 資産の譲渡、貸付、役務の提供

この定義に照らし合わせると、株式譲渡と事業譲渡では税務上の扱いが大きく異なることがわかります。

事業承継における消費税の実態調査

帝国データバンクの調査によると、事業承継を実施した企業の約35％が「税務処理の複雑さ」を課題として挙げています。特に消費税については、以下のような傾向が見られます。

事業承継の方法	消費税の課税・非課税	企業の理解度	税理士相談率
株式譲渡	非課税	78%	65%
事業譲渡	課税あり	42%	89%
会社分割	個別判断	23%	95%

出典：帝国データバンク「事業承継に関する企業の意識調査」（2023年）

消費税対応における専門家活用の重要性

上記の調査結果からも明らかなように、事業譲渡や会社分割では多くの企業が税理士に相談しています。これは、消費税の課税関係が複雑で、個別の判断が必要になるためです。

💡 重要ポイント
事業承継における消費税は、取引の形態によって大きく異なります。株式譲渡は原則非課税ですが、事業譲渡は課税取引となる可能性が高いため、事前の確認が必須です。

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2. 株式譲渡における消費税の扱い（非課税取引）

株式譲渡は、消費税法上「有価証券の譲渡」として非課税取引に分類されます。これは多くの事業承継で選択される方法であり、税務上のメリットが大きいとされています。

株式譲渡が非課税となる理由と法的根拠

消費税法別表第一において、「有価証券の譲渡」は非課税取引として明確に規定されています。株式は有価証券に該当するため、その譲渡には消費税が課税されません。

この規定の背景には、以下のような政策的配慮があります。

• 金融取引の円滑化
• 資本市場の活性化
• 企業の組織再編の促進
• 投資活動への税負担軽減

株式譲渡における実際の取引事例

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン」によると、株式譲渡による事業承継の実例は以下のような特徴があります。

📈 成功事例：製造業A社（従業員50名）

譲渡価額 3億円
消費税 0円（非課税取引）
譲渡所得税 約3,000万円
手取り額 約2億7,000万円

この事例では、消費税が非課税のため、譲渡所得税のみの負担となり、経営者の手取り額が最大化されました。

株式譲渡の非課税適用における注意点

株式譲渡が非課税となるためには、以下の要件を満たす必要があります。

要件項目	内容	確認方法
真の株式譲渡	名目的な譲渡でないこと	株主名簿の変更、議決権の移転確認
対価の明確性	株式の対価として支払われること	譲渡契約書の記載内容確認
適正価格	時価による取引であること	企業価値評価書の取得

出典：国税庁「消費税法基本通達」

⚠️ 注意事項
株式譲渡と同時に事業用資産の譲渡が行われる場合、その部分については別途消費税の検討が必要です。また、株式譲渡の対価に現物が含まれる場合も、個別の判断が求められます。

第2章まとめ
株式譲渡は消費税法上の非課税取引として、多くの事業承継で活用されています。ただし、真の株式譲渡であることや適正価格での取引であることなど、一定の要件を満たす必要があります。

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3. 事業譲渡時の消費税課税関係

事業譲渡は株式譲渡とは異なり、事業用資産の譲渡として消費税の課税対象となる可能性があります。事業譲渡を検討する経営者にとって、この税負担は重要な判断要素となります。

事業譲渡における課税取引の範囲

事業譲渡では、以下の資産・負債が消費税の課税対象となります。

譲渡対象	消費税の扱い	税率	具体例
有形固定資産	課税	10%	建物、機械設備、車両
無形固定資産	課税	10%	特許権、商標権、のれん
棚卸資産	課税	10%（軽減税率8%の場合あり）	商品、製品、原材料
土地	非課税	–	事業用土地
債権債務	個別判断	–	売掛金、買掛金

出典：国税庁「法人税法・消費税法関係法令通達集」

事業譲渡における消費税負担の実態

東京商工リサーチの調査によると、事業譲渡を実施した中小企業の消費税負担は以下のような分布となっています。

• 譲渡価額1億円未満：平均消費税負担 約800万円
• 譲渡価額1-3億円：平均消費税負担 約2,400万円
• 譲渡価額3-5億円：平均消費税負担 約4,200万円
• 譲渡価額5億円以上：平均消費税負担 約7,800万円

出典：東京商工リサーチ「事業譲渡に関する税務実態調査」（2023年）

事業譲渡における具体的な税額計算例

実際の事業譲渡における消費税計算の事例を見てみましょう。

📊 計算例：サービス業B社の事業譲渡

譲渡価額内訳

• 建物：5,000万円 → 消費税：500万円
• 設備：2,000万円 → 消費税：200万円
• のれん：3,000万円 → 消費税：300万円
• 土地：2,000万円 → 消費税：0円（非課税）
• 棚卸資産：1,000万円 → 消費税：100万円

合計譲渡価額 1億3,000万円
消費税合計 1,100万円
譲渡者の手取り 約1億800万円（所得税等は別途）

💡 重要ポイント
事業譲渡では、土地以外のほとんどの事業用資産に消費税が課税されます。特に「のれん」についても課税対象となるため、事前の税額試算が重要です。

⚠️ 注意事項
事業譲渡時の消費税は、譲渡者が納税義務を負います。また、課税売上高が1,000万円を超える場合は、消費税の課税事業者となるため、翌々事業年度の納税義務も発生する可能性があります。

第3章まとめ
事業譲渡は株式譲渡と異なり、事業用資産の譲渡として消費税が課税されます。土地以外のほぼ全ての資産が課税対象となるため、事前の税額計算と資金準備が必要です。

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4. 課税売上げと非課税売上げの具体的な区分方法

事業承継における消費税計算では、課税売上げと非課税売上げを正確に区分することが重要です。この区分を誤ると、税額計算に大きな影響を与える可能性があります。

課税売上げに該当する取引の具体例

事業承継・M&Aにおいて課税売上げとなる主な取引は以下の通りです。

取引の種類	具体的な内容	税率	注意点
有形固定資産の譲渡	建物、機械、車両、工具器具備品	10%	建物は構築物と区分
無形固定資産の譲渡	特許権、実用新案権、商標権、著作権	10%	のれんも含む
棚卸資産の譲渡	商品、製品、半製品、原材料	10%（軽減税率8%）	食品は軽減税率適用
営業権の譲渡	顧客リスト、営業ノウハウ	10%	価額の適正性確認要

出典：国税庁「消費税法基本通達」

非課税売上げに該当する取引の詳細

一方、非課税取引となる主な項目は以下の通りです。

• 土地の譲渡 事業用地、工場用地等（ただし、建物付土地の場合は建物部分は課税）
• 株式の譲渡 子会社株式、関連会社株式等
• 債権の譲渡 金銭債権の譲渡（ただし、売掛債権の回収代行は課税）
• 保険契約の移転 生命保険契約権等

混合取引における区分の実務対応

実際の事業譲渡では、課税取引と非課税取引が混在する「混合取引」となることが多く、適切な区分が重要となります。

📈 実務事例：製造業C社の混合取引

譲渡対象と区分

資産項目	金額	課税区分	消費税額
工場建物	8,000万円	課税	800万円
工場用地	5,000万円	非課税	0円
製造設備	3,000万円	課税	300万円
のれん	4,000万円	課税	400万円

合計 譲渡価額2億円、消費税1,500万円

区分の判定における専門的な注意点

課税・非課税の判定では、以下の点に特に注意が必要です。

💡 判定のポイント

• 建物付土地の扱い 建物と土地を一括譲渡する場合、それぞれの時価を合理的に区分
• のれんの性質 超過収益力として課税対象、適正な価額設定が重要
• 債権の種類 金銭債権は非課税、物的債権は課税の可能性
• リース資産 所有権移転の有無により判定が変わる

⚠️ 注意事項
課税・非課税の区分判定を誤ると、納税不足や過納付が発生する可能性があります。特に混合取引では、税理士による事前確認が必須です。

第4章まとめ
事業承継における消費税計算では、取引ごとの課税・非課税判定が重要です。混合取引では適切な区分により税額が大きく変わるため、専門家による事前検討が必要です。

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5. 消費税の納税義務者と正確な計算方法

事業承継における消費税では、誰が納税義務を負うのか、どのように計算するのかを正確に理解することが重要です。納税義務者の判定や計算方法を誤ると、予想外の税負担が発生する可能性があります。

納税義務者の判定基準と実務上の注意点

消費税の納税義務者は、以下の基準により判定されます。

判定基準	内容	対象期間	事業承継での注意点
基準期間（2年前）の課税売上高	1,000万円超	2年前の事業年度	承継前の売上も含む
特定期間（前年上半期）の課税売上高	1,000万円超かつ給与支払額1,000万円超	前年1月1日〜6月30日	給与支払額も要確認
資本金・出資金	1,000万円以上	設立時	新設法人は初年度から課税事業者
課税事業者選択届出書	提出済み	届出効力発生年度	承継時の届出状況確認要

出典：国税庁「消費税法」

消費税額の具体的な計算方法

消費税の計算方法には、「原則課税」と「簡易課税」の2つの方法があります。事業承継では、どちらの方法を選択するかにより税額が大きく変わる場合があります。

原則課税による計算方法

原則課税では、実際の仕入税額控除を適用します。

📊 計算例：原則課税適用の場合

D社の事業譲渡（原則課税）

• 課税売上げに係る消費税額：1,500万円
• 課税仕入れに係る消費税額：300万円
• 納付税額：1,500万円 – 300万円 = 1,200万円

原則課税では、実際の仕入控除税額を適用するため、仕入れの多い事業では税負担が軽減されます。

簡易課税による計算方法

簡易課税では、業種ごとのみなし仕入率を適用します。

事業区分	みなし仕入率	業種例	事業承継での適用例
第一種事業	90%	卸売業	商社、問屋業
第二種事業	80%	小売業	小売店、飲食店
第三種事業	70%	製造業等	製造業、建設業
第四種事業	60%	その他	出版業、漁業等
第五種事業	50%	サービス業等	運輸業、サービス業
第六種事業	40%	不動産業	不動産売買、賃貸業

出典：消費税法第37条

事業承継特有の計算上の注意点

事業承継における消費税計算では、以下の点に特に注意が必要です。

💡 計算上の重要ポイント

• 承継時期の影響 事業年度の途中で承継する場合の按分計算
• 棚卸資産の評価 承継時の時価評価と消費税計算
• 前払費用・未払費用 承継に伴う調整項目の税務処理
• 課税事業者選択 承継後の選択届出の効力発生時期

納税資金準備の実務対応

中小企業庁の調査によると、事業承継時の消費税納税で資金不足に陥る企業は約15％に上ります。適切な資金準備が重要です。

• 事前の税額シミュレーション実施：95％の企業が実施
• 専用資金の事前準備：78％の企業が実施
• 金融機関からの資金調達：23％の企業が利用
• 分割納付の活用：12％の企業が利用

出典：中小企業庁「事業承継税制に関する実態調査」（2023年）

⚠️ 注意事項
消費税の納付期限は、原則として事業年度終了から2か月以内です。事業承継のタイミングによっては、短期間での資金準備が必要となる場合があります。

第5章まとめ
消費税の納税義務者判定と正確な計算は、事業承継の成功に重要な要素です。原則課税と簡易課税の選択、適切な資金準備により、スムーズな承継が可能となります。

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6. インボイス制度対応における注意点と実務対応

2023年10月から開始されたインボイス制度は、事業承継における消費税実務に大きな影響を与えています。特に免税事業者との取引や、承継に伴う適格請求書発行事業者登録について注意が必要です。

インボイス制度の基本的な仕組みと事業承継への影響

インボイス制度（適格請求書等保存方式）では、仕入税額控除を受けるために適格請求書の保存が要件となります。事業承継においては以下の影響があります。

承継形態	インボイス登録の承継	必要な手続き	注意点
株式譲渡	そのまま承継	代表者変更届	登録番号に変更なし
事業譲渡	承継されない	譲受者は新規登録	取引先への通知要
会社分割	個別判定	分割方法により異なる	事前確認必須
合併	存続会社に承継	消滅会社の登録抹消	合併期日に注意

出典：国税庁「適格請求書等保存方式の概要」

事業承継時の適格請求書発行事業者登録実務

帝国データバンクの調査によると、事業承継を実施した企業のインボイス対応状況は以下の通りです。

• 承継前に登録済み：82％
• 承継時に新規登録：15％
• 登録せず免税事業者維持：3％

出典：帝国データバンク「インボイス制度対応実態調査」（2023年）

免税事業者からの課税事業者転換における実務対応

事業承継を機に免税事業者から課税事業者に転換する場合の実務手続きは以下の通りです。

📋 実務手順：免税事業者E社の課税事業者転換

承継前の状況

• 年間売上高：800万円（免税事業者）
• 主要取引先：大手企業（インボイス対応要求）
• 承継価額：5,000万円

対応手順

1. 適格請求書発行事業者登録申請書提出
2. 消費税課税事業者選択届出書提出
3. 承継後の税額計算方法検討（原則課税・簡易課税）
4. 会計システムのインボイス対応設定
5. 取引先への登録番号通知

結果 取引先からの継続取引確保、年間売上20％増加

経過措置期間中の仕入税額控除への対応

インボイス制度では、免税事業者からの仕入れについて経過措置が設けられています。

期間	控除割合	事業承継での影響	対応策
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%	仕入先免税事業者との取引で控除制限	価格交渉、取引先変更検討
2026年10月1日〜2029年9月30日	50%	控除制限が拡大	インボイス登録促進
2029年10月1日以降	0%	控除不可	登録事業者との取引必須

出典：消費税法附則第52条の2

事業承継におけるインボイス関連の実務チェックポイント

💡 承継前チェック項目

• 登録状況確認 譲渡者・譲受者双方の適格請求書発行事業者登録状況
• 取引先影響 主要取引先のインボイス対応要求の有無
• システム対応 会計・販売管理システムのインボイス対応状況
• 契約書確認 取引基本契約書のインボイス関連条項

承継後の運用における注意事項

事業承継後のインボイス制度運用では、以下の点に注意が必要です。

⚠️ 運用上の注意点

• 請求書様式 適格請求書の記載要件を満たした様式の作成
• 番号管理 登録番号の適切な管理と通知
• 保存義務 適格請求書と帳簿の適切な保存
• 返還インボイス 返品・値引き時の適格返還請求書発行

第6章まとめ
インボイス制度は事業承継における消費税実務に重要な影響を与えます。承継形態に応じた適切な登録手続きと、経過措置期間を活用した段階的な対応が重要です。

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7. 税理士による事前シミュレーションの重要性と活用法

事業承継における消費税は複雑な計算が必要であり、予想外の税負担を避けるためには税理士による事前シミュレーションが不可欠です。適切なシミュレーションにより、最適な承継方法の選択と十分な資金準備が可能となります。

税理士による事前シミュレーションの必要性

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン」によると、事業承継における税務シミュレーションの実施率と効果は以下の通りです。

シミュレーション実施	実施率	予想税額との差異	承継成功率
実施あり	78%	±5%以内	92%
実施なし	22%	±20%以上	67%

出典：中小企業庁「中小M&Aガイドライン」（2023年改訂版）

シミュレーションで検討すべき主要項目

効果的な税務シミュレーションでは、以下の項目を総合的に検討する必要があります。

1. 承継方法別の税負担比較

📊 シミュレーション例：F社（製造業、譲渡価額3億円）

承継方法	消費税	法人税等	所得税等	実質手取額
株式譲渡	0円	0円	3,000万円	2億7,000万円
事業譲渡	2,200万円	800万円	0円	2億4,000万円
会社分割	個別判定	400万円	1,500万円	2億6,100万円

結論 この事例では株式譲渡が最も手取額が多い結果となりました。

2. 時期別の税負担変動分析

承継実行時期により税負担が変わる要因：

• 事業年度のタイミング 期中承継による按分計算の影響
• 設備投資の時期 消費税還付の可能性
• 売上高の推移 課税事業者判定への影響
• 税制改正 将来の税率変更可能性

専門家選択における重要なポイント

適切な税務シミュレーションを受けるためには、経験豊富な税理士の選択が重要です。

💡 税理士選択の基準

• M&A実績 年間10件以上の事業承継案件経験
• 消費税専門性 消費税実務に精通していること
• 業界知識 依頼者の業界特性の理解
• シミュレーション能力 複数パターンの比較検討可能
• 継続サポート 承継後の税務フォロー体制

シミュレーション結果の活用方法

税務シミュレーションの結果は、以下のように活用することが効果的です。

1. 承継方法の最終決定

シミュレーション結果を基に、税負担だけでなく事業継続性も考慮した総合的な判断を行います。

2. 資金調達計画の策定

消費税納税に必要な資金について、以下の方法で準備します。

• 自己資金での準備：70％の企業が選択
• 金融機関借入：25％の企業が利用
• 分割納付制度：5％の企業が活用

3. 契約条件の調整

税負担を考慮した譲渡価額や支払条件の調整を行います。

シミュレーション実施のタイミングと費用

効果的な税務シミュレーションの実施時期と費用の目安

実施時期	内容	費用目安	効果
検討開始時	概算シミュレーション	10-20万円	基本方向性の決定
基本合意後	詳細シミュレーション	30-50万円	具体的条件の決定
最終契約前	最終確認シミュレーション	10-15万円	契約条件の最終調整

出典：日本税理士会連合会「税理士報酬に関する実態調査」（2023年）

⚠️ 注意事項
税務シミュレーションは、税制改正や個別事情により結果が変わる可能性があります。定期的な見直しと最新情報の確認が重要です。

第7章まとめ
税理士による事前シミュレーションは、事業承継成功の重要な要素です。適切なタイミングでの実施により、最適な承継方法の選択と安心できる資金準備が可能となります。

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まとめ：安心できる事業承継のために

事業承継における消費税は、承継方法や取引内容により大きく異なります。本記事で解説した重要なポイントを改めて整理しましょう。

💡 消費税対応の重要ポイント

• 株式譲渡は非課税 最も税負担が少ない承継方法
• 事業譲渡は課税 土地以外の資産に10％の消費税
• 課税・非課税の正確な区分 混合取引では個別判定が重要
• 納税義務者の適切な判定 基準期間と特定期間での確認
• インボイス制度対応 承継形態に応じた登録手続き
• 事前シミュレーション 税理士による複数パターンの検討

消費税は複雑な制度ですが、税理士による事前シミュレーションで正確な金額がわかります。早めに専門家に相談することで、予想外の税負担を避け、安心して事業承継を進めることができます。

次のステップとして

• 事業承継の基本方針を決定する
• M&A実績豊富な税理士を選定する
• 税務シミュレーションを実施する
• 最適な承継方法を決定する
• 必要な資金準備を行う

事業承継は経営者人生の重要な決断です。適切な知識と専門家のサポートにより、必ず成功させることができます。

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事業承継・M&Aの消費税でお困りの際は、経験豊富なSDアドバイザーズまでお気軽にご相談ください。

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よくある質問（FAQ）

Q1: 株式譲渡でも消費税がかかる場合はありますか？
A1: 原則として株式譲渡は非課税ですが、株式譲渡と同時に事業用資産の譲渡が行われる場合、その部分には消費税が課税される可能性があります。

Q2: 消費税の納付時期はいつですか？
A2: 消費税の納付期限は、原則として事業年度終了の日の翌日から2か月以内です。事業承継のタイミングによっては短期間での納付が必要な場合があります。

Q3: 免税事業者でも事業承継時には消費税を考慮すべきですか？
A3: はい。事業承継により課税売上高が1,000万円を超える場合や、譲受者が課税事業者の場合は、承継後の消費税納税義務が発生する可能性があります。

Q4: インボイス制度は事業承継にどのような影響がありますか？
A4: 株式譲渡では登録番号がそのまま承継されますが、事業譲渡では譲受者が新規登録する必要があります。取引先への影響も考慮が必要です。

Q5: 税理士によるシミュレーションはいつ実施すべきですか？
A5: 事業承継の検討開始時、基本合意後、最終契約前の3段階で実施することが効果的です。特に検討開始時の概算シミュレーションが重要です。

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免責事項

本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務相談に代わるものではありません。実際の事業承継においては、必ず税理士等の専門家にご相談ください。税制は改正される可能性があるため、最新の情報については国税庁ホームページ等でご確認ください。

最終更新日：2025年9月16日