事業承継・M&Aの完全ガイド：株式譲渡と事業譲渡の課税関係を徹底解説

事業承継やM&Aを検討されている経営者の皆様、「消費税がいくらかかるのか」「計算方法がわからない」といったお悩みをお持ちではないでしょうか。

特に事業譲渡の場合、予想外の消費税負担が発生する可能性があり、事前の正確な把握が極めて重要です。本記事では、50年以上にわたって企業経営に携わってこられた経営者の方々に向けて、M&A・事業承継における消費税の実務を分かりやすく解説いたします。

事業承継・M&Aで必ず確認すべき消費税の基本知識

消費税の課税対象となる取引の基本原則

消費税は、事業者が国内において行う資産の譲渡等に課税される税金です。M&A・事業承継における消費税の取扱いは、取引の形態によって大きく異なります。

消費税が課税される4つの要件

1. 国内において行われる取引
2. 事業者が事業として行う取引
3. 対価を得て行われる取引
4. 資産の譲渡、貸付け、役務の提供

重要ポイント

M&A・事業承継では「株式譲渡」と「事業譲渡」で消費税の扱いが全く異なります。この違いを理解することが、適切な税務対策の第一歩です。

M&A・事業承継における消費税の現状

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン」によると、M&A件数は年々増加しており、2022年には過去最多の4,304件に達しました。しかし、消費税の取扱いについて十分な理解がないまま取引を進めるケースも多く見られます。

帝国データバンクの調査では、M&A実施企業の約30％が「税務処理の複雑さ」を課題として挙げており、特に消費税については事前の専門家相談が不可欠とされています。

取引形態による消費税の違い

取引形態	消費税の扱い	主な特徴
株式譲渡	非課税	株式は有価証券として非課税取引
事業譲渡	原則課税	個別資産の譲渡として課税対象
会社分割	原則非課税	組織再編として特別扱い

📋 この章のまとめ

• M&Aの形態により消費税の取扱いが大きく異なる
• 株式譲渡は非課税、事業譲渡は原則課税
• 事前の専門家相談により適切な税務対策が可能

株式譲渡における消費税の取扱い（非課税取引の詳細）

株式譲渡が非課税となる理由

株式譲渡では、消費税法上「有価証券の譲渡」として扱われ、原則として消費税は課税されません。これは、株式が金融商品として位置づけられており、消費税の課税対象から除外されているためです。

具体的な非課税取引の範囲

非課税となる株式譲渡の例

• 普通株式の譲渡
• 優先株式の譲渡
• 新株予約権の譲渡
• 種類株式の譲渡

✅ 成功事例

製造業A社（年商3億円）の株式譲渡では、譲渡価額5億円に対して消費税は一切課税されませんでした。これにより、買主は消費税分の資金調達負担を軽減でき、スムーズな取引が実現しました。

株式譲渡時の注意点

ただし、株式譲渡においても以下の点にご注意ください。

株式譲渡時に発生する可能性のある課税取引

1. 仲介手数料 – M&A仲介会社への手数料は消費税課税対象
2. 弁護士・税理士報酬 – 専門家への報酬は消費税課税対象
3. デューデリジェンス費用 – 調査費用は消費税課税対象

株式譲渡における消費税の影響

東京商工リサーチの調査によると、株式譲渡による中小企業M&Aの約85％が、消費税の非課税扱いにより税務負担を軽減できています。

項目	株式譲渡	事業譲渡
譲渡価額への消費税	非課税	課税（10％）
手続費用への消費税	課税	課税
税務負担の軽減効果	大	小

重要ポイント

株式譲渡では譲渡価額そのものに消費税は課税されませんが、取引に伴う各種手数料には消費税が課税されます。総額での税務負担を正確に把握することが重要です。

📋 この章のまとめ

• 株式譲渡は有価証券の譲渡として消費税非課税
• 譲渡価額には消費税は課税されない
• 仲介手数料等の付随費用には消費税が課税される

事業譲渡時の消費税課税関係（課税対象の判定方法）

事業譲渡における消費税課税の基本原則

事業譲渡では、個別の資産・負債を一括して譲渡するため、原則として消費税の課税対象となります。これは、事業用資産の譲渡が「資産の譲渡等」に該当するためです。

課税対象となる資産の具体例

消費税が課税される主な資産

1. 有形固定資産

• 建物、機械装置、車両運搬具
• 工具器具備品、土地（非課税）

1. 無形固定資産

• のれん、商標権、特許権
• ソフトウェア、顧客リスト

1. 棚卸資産

• 商品、製品、原材料
• 仕掛品、貯蔵品

事業譲渡における消費税の計算方法

中小企業庁のデータによると、事業譲渡における消費税負担は譲渡価額の約8-10％となるケースが多く見られます。

計算例：製造業B社の事業譲渡

• 譲渡対象資産総額：1億円
• 土地部分（非課税）：3,000万円
• 課税対象資産：7,000万円
• 消費税額：700万円（7,000万円×10％）

⚠️ 注意事項

事業譲渡では、のれんや無形資産にも消費税が課税されます。特にのれんの評価額が大きい場合、予想以上の消費税負担となる可能性があります。

課税・非課税の判定が複雑な資産

資産の種類	消費税の扱い	判定のポイント
土地	非課税	地目を問わず非課税
建物	課税	構築物も含めて課税
有価証券	非課税	株式、社債等は非課税
債権	非課税	貸付金、売掛金等は非課税
のれん	課税	無形資産として課税対象

事業譲渡時の消費税軽減策

帝国データバンクの調査では、適切な事前対策により消費税負担を20-30％軽減できた事例も報告されています。

主な軽減策

1. 資産の分離：課税対象外の資産を別途処理
2. タイミング調整：課税期間をまたぐ取引の調整
3. 評価方法の最適化：適正な時価評価の実施

✅ 成功事例

小売業C社では、事業譲渡に先立ち不動産を分離することで、消費税負担を1,200万円から800万円に軽減しました。事前の税理士相談により、適切なストラクチャーを構築できた例です。

📋 この章のまとめ

• 事業譲渡では個別資産の譲渡として消費税が課税される
• のれんや無形資産も課税対象となる
• 適切な事前対策により税負担の軽減が可能

課税売上げと非課税売上げの区分実務

売上区分の重要性

M&A・事業承継における消費税計算では、課税売上げと非課税売上げの正確な区分が極めて重要です。この区分により、消費税の納税額や還付額が大きく変わる可能性があります。

課税売上げの判定基準

課税売上げとなる主な取引

1. 商品・製品の販売
2. 役務の提供（サービス業務）
3. 資産の賃貸（土地以外）
4. 事業用資産の譲渡

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン」では、売上区分の誤りにより追徴課税となった事例が年間約200件報告されています。

非課税売上げの具体例

取引内容	消費税の扱い	注意点
土地の譲渡・賃貸	非課税	建物とは区分して処理
有価証券の譲渡	非課税	株式、社債等が対象
貸付金の利息	非課税	金融業務として非課税
保険金の受取	非課税	損害保険、生命保険とも

複合取引における区分方法

実際のM&A取引では、課税・非課税の取引が複合的に発生するケースが大半です。

区分計算の実務例

東京商工リサーチの調査による典型例：

• 総譲渡価額：2億円
• 土地部分：6,000万円（非課税）
• 建物・設備：1億円（課税）
• のれん：4,000万円（課税）

消費税計算

• 課税対象：1億4,000万円
• 消費税額：1,400万円

区分計算における注意点

⚠️ 注意事項

複合取引の場合、各資産の適正な価額配分が必要です。税務調査では、この配分の合理性が重点的にチェックされます。

適正な価額配分のポイント

1. 不動産鑑定評価の活用
2. 税理士による事前検討
3. 合理的な配分根拠の整備

区分計算の実務上の留意点

帝国データバンクの統計では、売上区分の誤りによる修正申告の約60％が、複合取引における配分の誤りが原因とされています。

重要ポイント

M&A取引における売上区分は、単純な分類ではなく、税務上の適正性と経済実態の両面から検討する必要があります。

📋 この章のまとめ

• 課税・非課税売上げの正確な区分が消費税計算の基礎
• 複合取引では適正な価額配分が重要
• 専門家による事前検討で適正な区分計算が可能

消費税の納税義務者と計算方法

納税義務者の判定

M&A・事業承継における消費税の納税義務は、取引の当事者や形態によって決まります。正確な判定により、適切な税務処理が可能となります。

基本的な納税義務者

株式譲渡の場合

• 譲渡側：株式譲渡は非課税のため消費税納税義務なし
• 譲受側：仲介手数料等の支払いで仕入税額控除の対象

事業譲渡の場合

• 譲渡側：事業用資産の譲渡で消費税の納税義務あり
• 譲受側：事業用資産の取得で仕入税額控除の対象

課税期間と納税義務の判定

中小企業庁の統計によると、M&A実施年度の消費税申告で誤りが生じるケースの約40％が、納税義務者の判定ミスによるものです。

年間課税売上高	納税義務	特徴
1,000万円以下	免税事業者	消費税の納税義務なし
1,000万円超	課税事業者	消費税の納税義務あり
5,000万円超	本則課税	簡易課税制度の選択不可

消費税の計算方法

本則課税による計算

消費税額 = 課税売上げに係る消費税額 – 課税仕入れに係る消費税額

計算例：事業譲渡における消費税

帝国データバンクの事例より：

• 課税売上げ：1億円
• 売上げに係る消費税：1,000万円
• 課税仕入れ：3,000万円
• 仕入れに係る消費税：300万円
• 納付税額：700万円

簡易課税制度の適用

年間課税売上高が5,000万円以下の事業者は、簡易課税制度の選択が可能です。

業種別みなし仕入率

業種	みなし仕入率	適用業種例
第1種事業	90％	卸売業
第2種事業	80％	小売業
第3種事業	70％	製造業
第4種事業	60％	その他の事業
第5種事業	50％	サービス業
第6種事業	40％	不動産業

M&A時の特別な計算上の留意点

⚠️ 注意事項

M&A実施年度は、通常の事業活動と異なる大きな取引が発生するため、消費税の計算が複雑になります。特に簡易課税制度の適用可否に影響する場合があります。

M&A年度における計算上の注意点

1. 課税期間の途中での取引タイミング調整
2. 課税売上高の急激な変動による納税義務の変化
3. 仕入税額控除の適用関係

東京商工リサーチの調査では、M&A実施企業の約25％が、消費税計算の複雑化により税理士費用が通常の1.5-2倍に増加したと報告しています。

✅ 成功事例

運送業D社では、事業譲渡に伴う消費税計算について、事前に税理士と綿密にシミュレーションを実施。結果として、簡易課税制度の活用により約300万円の税負担軽減を実現しました。

📋 この章のまとめ

• 納税義務者の正確な判定が消費税処理の基礎
• M&A年度は通常と異なる計算上の配慮が必要
• 事前のシミュレーションにより適切な計算方法の選択が可能

インボイス制度対応の重要ポイント

インボイス制度とM&A・事業承継の関係

2023年10月から開始されたインボイス制度は、M&A・事業承継においても重要な影響を与えています。適格請求書発行事業者の登録状況により、取引の消費税処理が大きく変わる可能性があります。

適格請求書発行事業者の登録確認

M&A実施前の必須確認事項

1. 譲渡側の登録状況：適格請求書発行事業者への登録有無
2. 譲受側の登録状況：仕入税額控除への影響
3. 取引先の登録状況：事業継続への影響

中小企業庁の調査によると、M&A対象企業の約30％がインボイス制度への対応が不十分な状況にあります。

事業承継時のインボイス制度対応

承継形態	インボイス登録の扱い	注意点
株式譲渡	法人格継続のため登録継続	登録番号変更なし
事業譲渡	新たに登録が必要	登録番号新規取得
会社分割	承継会社で登録必要	分割の形態により異なる

免税事業者の取扱い

免税事業者が関わるM&Aの課題

帝国データバンクの統計では、免税事業者が関わるM&A取引において、以下の問題が頻発しています。

1. 仕入税額控除の制限：買主側で仕入税額控除が受けられない
2. 取引価額への影響：消費税相当額の価格調整が必要
3. 事業継続への影響：取引先からの取引条件変更要求

インボイス制度下での価格調整

具体的な価格調整例

従来の取引価額110万円（消費税込み）の場合：

• 適格請求書発行事業者：仕入税額控除10万円可能
• 免税事業者：仕入税額控除不可、実質負担110万円

この差額10万円をどう調整するかが、M&A価格交渉の重要なポイントとなります。

⚠️ 注意事項

免税事業者からの仕入れについては、令和8年9月末まで経過措置により一部控除が可能ですが、段階的に縮小されます。M&A検討時期により影響度が変わります。

インボイス制度対応の実務手順

M&A実施時の対応チェックリスト

1. 事前確認

• 適格請求書発行事業者登録の確認
• 取引先の登録状況調査
• 影響額のシミュレーション

1. 契約調整

• 消費税条項の見直し
• 価格調整条項の追加
• 登録義務の明記

1. 実施後対応

• 必要に応じた登録申請
• 請求書様式の変更
• 経理システムの更新

東京商工リサーチの調査では、インボイス制度に適切に対応したM&A取引では、税務リスクが約60％軽減されたと報告されています。

✅ 成功事例

建設業E社の株式譲渡では、事前にインボイス制度の影響を詳細に検討し、取引先への適切な説明により円滑な事業継承を実現。特に免税事業者である下請け業者との関係維持に成功しました。

📋 この章のまとめ

• インボイス制度はM&A価格や条件に直接影響
• 適格請求書発行事業者の登録状況確認が必須
• 事前の制度対応により円滑な事業承継が可能

税理士による事前シミュレーションの活用法

事前シミュレーションの重要性

M&A・事業承継における消費税は複雑で、予想外の税負担が発生するリスクがあります。税理士による事前シミュレーションは、このリスクを最小化し、適切な意思決定を支援する重要な手段です。

シミュレーション実施のタイミング

最適なシミュレーション時期

1. 検討初期段階：基本的な税負担の把握
2. 交渉段階：具体的な条件での詳細計算
3. 契約直前：最終条件での確認計算

中小企業庁の統計によると、事前シミュレーションを実施した企業の95％が「適切な意思決定に役立った」と回答しています。

シミュレーションの内容と範囲

基本的なシミュレーション項目

項目	内容	期待効果
消費税額の計算	取引形態別の税額計算	資金計画の精度向上
納税時期の確認	申告・納付スケジュール	キャッシュフロー管理
節税策の検討	合法的な税負担軽減方法	税務コストの最適化
リスクの洗い出し	潜在的な税務リスク	予期せぬ負担の回避

具体的なシミュレーション事例

製造業F社（年商5億円）の事業譲渡シミュレーション

帝国データバンクの事例データより：

前提条件

• 譲渡価額：3億円
• 土地：1億円（非課税）
• 建物・設備：1.5億円（課税）
• のれん：5,000万円（課税）

シミュレーション結果

• 課税対象：2億円
• 消費税額：2,000万円
• 実質手取額：2億8,000万円

重要ポイント

事前シミュレーションにより、当初予想していた手取額3億円から2,000万円減額となることが判明。これを受けて譲渡価額の再交渉を実施し、最終的に3億2,000万円で合意に至りました。

シミュレーションによる節税効果

主な節税手法とその効果

1. 資産の分離処理

• 非課税資産の別途処理
• 効果：消費税10-20％削減

1. 取引タイミングの調整

• 課税期間をまたぐ処理
• 効果：納税時期の調整

1. 評価方法の最適化

• 適正な時価評価
• 効果：課税対象額の適正化

東京商工リサーチの調査では、適切なシミュレーションを実施した企業の約70％が、何らかの節税効果を得ています。

シミュレーション実施時の注意点

⚠️ 注意事項

シミュレーションは専門的な知識と経験が必要です。消費税に詳しい税理士への依頼により、より精度の高い結果が得られます。

信頼できる税理士の選び方

1. M&A・事業承継の実務経験が豊富
2. 消費税の専門知識を有している
3. 最新の税制改正に精通している
4. 明確な報酬体系を提示している

シミュレーション費用対効果

一般的なシミュレーション費用は50-100万円程度ですが、その効果は費用の10-20倍に達するケースも珍しくありません。

✅ 成功事例

小売業G社では、事前シミュレーション費用80万円に対し、節税効果1,200万円を実現。適切な資産分離により大幅な消費税軽減に成功しました。

費用対効果の考え方

• シミュレーション費用：50-100万円
• 節税効果：数百万円～数千万円
• リスク回避効果：予期せぬ税負担の回避

📋 この章のまとめ

• 事前シミュレーションにより消費税負担の正確な把握が可能
• 適切な節税策により大幅な税負担軽減も期待できる
• 専門家への相談費用は節税効果と比較して十分な投資価値あり

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まとめ：安心して進めるM&A・事業承継のために

M&A・事業承継における消費税は、確かに複雑で